Закон о контрактной системе впрямую не определяет возможность заказчика удерживать неустойку, начисленную в случае ненадлежащего исполнения контракта или просрочку исполнения контракта, из обеспечения исполнения контракта поставщика.

Министерство финансов Российской Федерации как федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по выработке государственной политики и нормативно-правовое регулирование законодательства о контрактной системе в сфере закупок  в письме от 08.11.2017 № 24-03-08/73616 «О порядке удержания и возврата денежных средств, внесенных поставщиком (подрядчиком, исполнителем) в качестве обеспечения исполнения контракта» указывает, что порядок удержания и возврата денежных средств, внесенных поставщиком (подрядчиком, исполнителем) в качестве обеспечения исполнения контракта, определяется в соответствии с документацией о закупке и ГК РФ.

Возможность уменьшения оплаты по государственному и муниципальному контракту на сумму начисленной неустойки (штрафов, пеней) также впрямую не предусмотрена Законом о контрактной системе. При этом сложившаяся практика допускает эту возможность при условии, если это было предусмотрено условиями контракта.

Такую позицию Минфина России (письмо от 30 декабря 2016 г. N 09-04-08/80112) изложила ФНС России в своем письме от 17.02.2017 № АС-4-5/3049, а также схожая позиция изложена в письме Федеральной антимонопольной службы от 10 декабря 2015 г. N АЦ/70978/15 и письме Министерства экономического развития Российской Федерации от 27 сентября 2016 г. N ОГ-Д28-11214 и др.